ИЕНиМ был создан приказом ректора университета от 1 августа 1998 года на базе физико-математического (основанного в 1944 году) и биолого-химического (1961) факультетов.

На момент образования в состав Института вошли восемь кафедр (ботаники, зоологии и общей биологии, анатомии, физиологии человека и основ медицинских знаний, химии, математики и методики преподавания математики, физики и методики преподавания физики, философии и социологии, физической культуры и спорта). Подготовка студентов велась по педагогическим специальностям высшего профессионального образования: Математике, Физике, Химии, Биологии по очной форме обучения, и Биологии - по заочной форме обучения. Послевузовское профессиональное образование производилось по специальностям: Физика твёрдого тела и Социология культуры, образования и науки.

В настоящее время осуществляется подготовка по 6 специальностям и 3 направлениям бакалавриата очной формы обучения и 2 специальностям заочной формы обучения.

Главной целью института, как одного из ведущих структурных подразделений университета, стало развитие классического естественнонаучного образования.